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“小三通”是指金門、馬祖、澎湖與福建沿海地區的海上通航物流公司，是實現海峽兩岸直接“通郵、通航、通商”的簡稱，開通於2001年1月。隨著兩岸關系出現重大積極變化，“小三通”客運量也迅速攀升。台灣的大榮貨運是最早為兩岸提供小三通通商的運輸。“小三通”海上航線用了7年多時間，於2008年上半年客運量達到300萬人次。而後2年多小三通時間，“小三通”客運量就翻了一番，達到600萬大陸貨運人次。截至2013年4月30日，閩台“小三通”累計客運量已突破1000萬人次。

2001年1月1日，新年伊始，單方面實施“小三通”的台小三通貨運灣當局就迫不及待地導演了一出“硬闖廈門”的鬧劇，結果以“海安號”首航失敗而草草收場。但2001兩岸貨運年1月2日來自金門、馬祖的民眾訪問團、進香團則分別直航廈門、福州成功，完成了兩岸分隔五十多年來的首次客輪直接通航。

台灣當局的這一計劃純屬政治手腕，虛張聲勢，其真實目的是擺脫在大陸政策上的困境，換取時間，回避“一個中國”原則。所謂的“小三通”沒有任何實際意義，因其沒有提供任何行之有效的方法來改善兩岸關系。對大陸而言，根本不存在“小三通”的問題，事實上，金、馬與福建已進行了多年的小額貿易，雙方早就已經通了。如今台灣當局將之“兩岸物流除罪化”，對台灣來說僅具宣傳上的意義，只能滿足金、馬少數民眾的需求，對於台灣內部廣大民眾和工商界直接“三通”的需求，根本無法滿足。台灣新黨“議員”馮滬祥也說，“小三通”計劃只是“單向三通”，而非真正意義上的“雙向三通。”

小三通於2001年1月1日，海峽兩岸實施的小型三通模式，實現兩岸小規模的通商﹑通航和通郵。