基於當時兩岸仍在意識形態上有重大的分歧，重現三通的機會小三通貨運極微，但實際上兩岸居間在福建沿海和金馬地區早已有經濟上的交往。1992年3月中國福建省提出“兩門對開，兩馬先行”的“小三通”構想。這是由於“兩門”（即大陸的小三通廈門和台灣的金門）和“兩馬”（即大陸的馬尾港和台灣的馬祖）均只是相距咫尺的地方，在此進行小規模的“三通”是可以說是在當時的限制中，帶來有利於兩岸民間發展的辦法。
初步的小三通構想，是在馬尾﹑廈門﹑湄洲灣興建供兩岸直航的專用碼頭，在廈門﹑金門兩島間鋪設海底電纜，和准許到大陸的台灣人在福州﹑廈門兩機場辦落地簽證。
1994年1月由中國大陸片面地實施《關於對台灣地區小額貿易的管理辦法》，指定福建﹑浙江﹑﹑上海﹑山東等東南沿海口岸，由台灣居民和大陸對台小額貿易進行“小額貿易”，“小額貿易”並不等於一般性的進出口業務。大陸當局將這物流公司種小額貿易定性為非官方的直接貿易和經交流。
1994年6月由金馬愛鄉聯盟提出《金馬與大陸小三通說帖》，表達希望能以“單向通航”﹑“定點直航”或“先海後空”﹑“現貨後客”等方式，漸漸進行小三通。
1997年4月19日，兩岸開始進行高雄與福州﹑廈門間的“不通關﹑不入境”的境外通航。
及至2000年3月21日，台灣的立法院通過《離島建設條例》第18條，訂明“為促進離島（指澎金馬地區）發展，在台灣本島與大陸地區全面通航之前，得先行試辦金門﹑馬祖﹑澎湖地區與大陸地區通航”（俗稱小三通條款），條例於同年4月5日實施。
2000年12月13日，台灣行政院根據《離島建設條例》通過《試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法》，以作為小三通的管理依據。並於2001年1月1日開始實施，定點定時的貨客運通航。金廈“小三通”第二條航線2008年8月31日開通，航程僅半個小時，以及五通距離廈門高崎國際機場近的優勢，便利中轉到大陸各地的台商和旅客。水頭往返五通航線是金門“小三通”自2001年1月2日啟動以來，繼金門往返廈門東渡碼頭、泉州石井港之後的第三條客運航線，也是金廈之間第二航道。目前有“金門—廈門”、“馬祖—馬尾”、“金門—泉大陸貨運州”的小三通固定航班。
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