關於“小三通”貨運的概念，通過的研究調查，其並非一個專業術語，而僅僅是一個業內俗稱。實踐中較為常見的“小三通”貨運的運送方式是貨物從台灣小三通發至金門後，卸貨再轉海運至廈門清關，最後派送至收貨人指定地。通過上述的介紹和其貨運方式，我們可以發現，實質上“小三通”貨運只是通過“小三通”運輸路徑做貨物進口而已。所以“小三通”貨運的特殊之處僅僅在於運輸路徑的選擇，其他環節和一般物流並無差別。但根據的研究，為了實現商業利益，一些不法分子利用“小三通”貨運的名義，誤導消費者和大眾，使得人們對“小三通”貨運產生諸多誤區。
誤區一：“小三通”貨運等同於“對台小額貿易”
對台小額貿易，如上文所言，是大陸地區先於“小三通”提出的一項貿易往來政策，推行至今已有20多年的發展歷程。《對台灣地區小額貿易的管理辦法》明確規定，對台地區小額貿易只能由台灣地區居民同大陸的對台地區小額貿易進行，且上述應由對外貿易經濟合作部授權的沿海省市對外經貿主管機關批准，並在工商行政管理部門登記注冊。未經批准物流公司的，不得從事對台地區小額貿易。如今設立對台小額貿易的審批權已經下放到了省、自治區、直轄市的商務行政主管部門，[2]但經營“對台小額貿易”依然是一項需要經過行政審批的業務。
綜上，雖然“對台小額貿易”的運輸路線與“小三通”貨運有類似之處，但因前者需要主管部門的審批，所以這兩個概念無法等同。由於對台小額貿易可在檢驗檢疫環節享受相關便利措施，[3]故市面上不乏大陸貨運一些無資質的企業借“小三通”貨運名號謊稱自己具備對台小額貿易通關便利的特點吸引客戶。
誤區二：“小三通”貨運無需報關
根據我國《海關法》的規定，所有進出境我國的運輸工具、貨物兩岸物流、行李物品、郵遞物品和其他物品(以下簡稱進出境運輸工具、貨物、物品)都必須如實向海關申報，並接受海關的監管。[4]無論通過何種運輸途徑進境，“報關”都是一道必經的程序。因此，所謂“小三通”貨運可以不用報關的說法，自然於法無據。
誤區三：“小三通”貨運在進口環節可享受稅收優惠
在糾正該誤區前，首先要說明的是，我國的海關監管體系針對“貨物”和非貿易性的“物品”采用不同的關稅征小三通貨運收標兩岸貨運准。
